インテグラル本編追加要素
▽隠し周波数
140.07 開発者のメッセージ
140.66 隠しBGM 渓谷、通信塔への通路、雪原のボスフィールド３つで聞ける。ボスとの戦闘中は聞けない。
▽敵配置が変わる
ゲームをクリアすると敵の配置が変化する。L2+R2を押しながら難易度を決定すると通常配置にできる。
ちなみに難易度VERYEASYではクリアデータが作成されない。
▽主観移動モード
本編のクリアデータ（これのみMGS日本語版のデータでもよい？）があるとスペシャルに追加される。
▽フォトグラフィング（生還記念写真撮影会）
本編をクリアするとVRディスクのエクストラに追加される。本編でカメラを入手しておかなくてもプレイ可能。
なお、撮影対象は難易度エクストリーム未満でナオミ、難易度エクストリームでメイ・リンです。
▽コスチュームが変わる
メリルエンドとオタコンエンドを両方クリアすると、スネークがタキシード姿になり、メリルがスネークの潜入服を着る。